武装——秦惠王军在郑县以东的渑池擒获商鞅——秦惠王当时就杀了商鞅——秦惠王车裂商鞅尸身——秦惠王灭商鞅之家。这一过程，前后共19个阶段。
两部文献记载的最大差别是，商鞅究竟有没有起兵造反？
以《战国策》之说，事件逻辑很接近于正常状况。秦惠王接受了劝说者的两点理由：其一，商鞅权势太重，对君主构成威胁；其二，秦惠王与商鞅曾经有政治仇恨，应该“图之”，也就是应该复仇。整个过程，未见举兵造反之痕迹，符合当时的政治环境，其历史真实性很容易为人理解。《史记》的记载，则明确了商鞅的造反事实。之后，商鞅的行为逻辑，则完全陷入了荒诞离奇的境地。从政治、军事、地理等各方面作逻辑分析，这些事实充满了疑点，一连串的矛盾与混乱令人无法理解。请看——
其一，商鞅的造反动机是什么？始终未见表现。这种无动机的重大事件记载，在《史记》的同类记载中极为罕见。
其二，公子虔“告商君欲反”，也就是说，公子虔举发商鞅要造反。可是，却没有任何举证事实，当属诬陷。但是，从后面对商鞅造反事实的记载看，《史记》显然又认定公子虔的举发是真实的，不是诬陷。故而，《史记》回避了对公子虔诬陷的认定。
其三，既有公子虔先期举发，可见商鞅造反已经是先有预谋了。果真如此，在秦惠王已经下令追捕的情况下，商鞅为何不直接进入封地举兵，却要匆忙向东逃亡到“关下”？这个关下，就是函谷关下。当时的秦国，不冠名而只以“关”字相称者，只有函谷关。如同天下人说河，只能是黄河，而不是其他任何河流。
其四，依据当时的关中地理与秦国军事布防，从咸阳东南下商於，只要不是大军行进，走商旅道不经武关，就没有军事阻拦，很近便。而东部函谷关，则从来是秦军重兵防守的最大要塞。商鞅东逃函谷关，在追捕令已经下达的情况下，根本不可能出关。即或是要逃亡到魏国，从商於绕道崤山，才是相对稳妥的选择。商鞅东逃函谷关，毫无目标意义地奔走，对于一个预谋造反的大政治家，这是不可想像的。
其五，既然是逃亡，还不星夜赶路，还要在关下要求住店。这简直是比江湖游侠还要潇洒的逃亡。只有白痴，才能如此的毫无警觉意识。商鞅不知道，一夜快马几乎可以直达秦国东南的任何一片山林先行隐藏吗？
其六，既然选择逃亡，说明商鞅此时还没有造反之心，或者已经放弃了造反图谋。如何能在逃亡失败之后，又突然想到了造反，进入封地举兵？如此矛盾混乱，举棋不定，是大政治家商鞅吗？战国之世，各国的反叛事实非常多，武装叛乱的经验积累也很丰厚。如果商鞅真的造反，会如此低能吗？即或是一个平庸的谋反者，也不会如此笨拙。
其七，商鞅变法之后，秦国实行虚封制，封主对封地没有治权，更没有随意组织武装的权力。商鞅“关下”住店，尚且因为没有身份证明而不能入住。为什么一进入商於，就能立即发动“徒属举兵”？这与前述旅店之法治状况，简直是天壤之别，不荒诞吗？
其八，追随商鞅造反的“徒属”，究竟是些什么人？是忠实的左右追随者，还是普通民众？如果是忠实的左右追随者，商鞅能丢下这些人只身逃亡吗？逃亡失败之后，再回来发动这些人造反？以战国之风，这是“负人于前，陷人于后”，是十分恶劣的令人不齿的行为。即或是战国门客，也不会再去追随这样的主人。商鞅的左右追随者中还有许多官府吏员，难道连如此有违大义的辨识能力也没有吗？如果是民众，《史记》已经点明秦人“不怜商鞅”，那么，冷漠的民众能不假思索地跟着商鞅造反吗？如果这两种人都不可能追随造反，商鞅造反军的来源在哪里呢？
其九，商鞅举兵造反，商於郡、县两级官府，竟然没有任何动静，竟然能使商鞅造反军直接北上进攻关中，在当时法度严明的秦国，这简直是痴人说梦。
其十，商鞅造反军要进关中，必然要越过武关要塞，又要翻过蓝田高地。其间，至少武关是极其重要的东南要塞，能放任一支造反武装顺利北上吗？一支造反军在武关竟然没有战事，而能从商於直接飞进关中，这不是纸上谈兵吗？
十一，果真造反，商鞅武装南下进攻秦楚交界的大山地带，占据一方土地，显然是拥兵自重及独立自治的最佳选择。北上进攻重兵驻守的关中，是没有任何目标意义的盲目抉择。以商鞅之军政大才，这可能吗？
十二，依据《史记》正义注释，当时的郑县距当时的渑池有大约三百华里。郑县，就是今日的陕西渭南地带；渑池，是今日河南省三门峡市以东。两地之间的实际距离，至少在五百余华里。渑池之地，深入当时的魏国境内，距离魏国都城大梁已经不远了。郑县到渑池的中间路程，有三条路径可以东出：一是少梁邑，也就是今日韩城地带；二是函谷关，正当要道；三是东南崤山，路径相对艰难。《史记》说商鞅造反军直逃渑池，显然是走函谷关一路了。那么，商鞅究竟有多大的兵力，能一举突破函谷关要塞？函谷关无战事，商鞅军扬长出关，只能说函谷关守军通同造反，这不是儿戏故事吗？
十三，商鞅一人入魏，魏国尚且拒绝；今日，商鞅造反军与秦惠王追兵同时深入河内腹地数百里，已经接近大梁，魏国如何能没有军事举措？即或魏国怨恨商鞅，即或配合秦国追捕商鞅，可是能听任秦国两支大军深入魏国都城地带，而自己不出动大军防范万一？以战国邦交传统，魏国在这里的缺失，是非常荒诞的一件事。
十四，商鞅之造反军果真能突破函谷关，并能深入魏国，最好的逃亡路线也应该是进入东南的崤山地带，在那里裂土建政。舍弃险要山地而直入一马平川的黄河平原，直入魏国都城地区，这是完全的飞蛾扑火。对于熟悉秦魏两国的商鞅来说，这无异于反复白痴。
十五，商鞅在战场被杀，说明商鞅拒绝投降，拒绝认罪。从开始逃亡的惊慌失措，到造反之后的胡乱流窜，再到被杀之际的突兀顽固，如此商鞅，连后来秦始皇时期嫪毐的谋反水平都远远不及，这能是事实吗？
十六，关于商君最终刑罚。《史记》的说法是：“杀之于渑池，秦惠王车裂商君以循，曰：莫如商君反者！”这个“循”字，是徇私，也就是泄私愤的意思。一个循字，《史记》交代了秦惠王战场杀商鞅的动机——泄私愤。可是，既然是镇压造反者，刑罚再重，似乎也不能归结为泄私愤。这里的原因归结，实在令人可疑。依据当时的政治逻辑，果真在战场杀了商鞅，只能是杀人灭口，而不会是泄私愤那般简单化。
十七，既然商鞅造反如此令秦惠王不可忍受——“莫如商君反者！”但是，却没有灭商君三族，而只是灭商君之家。请注意，先秦时代的叛乱罪，几乎都是灭族之罪。在各种史料中，灭家和灭族，是明确的两种刑罚，两种杀戮范围。这里，只“灭家”而不“灭族”，与关于政治仇恨、关于造反烈度的记载，都是有巨大矛盾的。
总体上说，《史记》关于商君造反及其结局的记载，太过离奇而不合逻辑，使人有理由怀疑其真实性。对于任何一个有着基本历史知识与政治常识、军事常识、地理常识的人，这都是一个既不能自圆其说，也令人难以置信的故事。
关于商鞅的人格评价，可以先看司马迁自己在《商君列传》中最后的评论，全文如下：
太史公曰：商君，其天资刻薄人也。迹其欲干孝公以帝王之术，挟持浮说，非其质矣。且所因由嬖臣，及得用，刑公子虔，欺魏将卬，不师赵良之言，亦足发明商君之少恩矣。余尝读商君开塞、耕战书，与其人行事相类。卒受恶名于秦，有以也夫！
司马迁对商鞅的人格总评价是“天资刻薄”，是“少恩”。其所列举的证据是六条：其一，挟持浮说，违背本色；其二，进身经由嬖臣，经由秦孝公宠臣景监进身；其三，刑治公子虔；其四，欺魏将公子卬；其五，不听赵良教诲；其六，其著作与人格一样，都刻薄少恩。最后，司马迁的感慨是：“卒受恶名于秦，有以也夫！”——商鞅在秦国留下骂名，是罪有应得啊！
这里的最大问题是，司马迁完全抛开了历史实践的基本面，而只就细节行为评价历史人物。即或是这些细节，也几乎是全部站不住脚的。