但是，直至商鞅变法之前，东方列国在国家行政治理上，依然是夏商周三代以来的封地本位制。当时的县与郡，都只是一种特殊设置的地区官署而已，类似今日的经济特区，并不是制度化的行政层级。所谓封地本位，其制度形式是封地由封主治理，无论其拥有的城邑多少，土地的里数大小，都没有行政层级的划分。封地内即或有县，也不是行政层级，也得受封地领主辖制。天子的王畿与诸侯国君的直领土地，也同样分封给了大大小小的王子，大大小小的宗室子弟，大大小小的王室功臣。这些封地，也是由封主独立治理。
这种封地本位制，一直到此前的魏、楚、韩、齐变法，都没有改变。
商鞅第二次变法推行的县制，是将当时秦国疆土上的乡、邑（城堡）、里（村落）整合归并，全部划分为41个县。各县建置官署，长官为县令，下设县丞（掌民政）、县尉（掌武事）。同时，依据县的大小，设置人数不等的啬夫，也就是各有执掌的县吏。这种县级官署，直属于国家中央政权，不受本县是否有功臣封地的制约。即或某县有某人封地，或本县属于某功臣封地，县级官署也对封地依法推行治权，且只对中央政权负责。后来，商鞅晋升为商君爵位，封地大到商於十余县。但是，商於各县仍然是通过县级官署实施的国家治权，而不是封地治权。
《商君书·垦令篇》谈到了县治制度的统一性，“百县之治一形，则徙迁者不饰，代者不敢更其制，过而废者不能匿其举。过举不匿，则官无邪人。”这是说，所有县的官署制度，都是统一的，这样，人人都必须遵从，离任和升迁者不能美化自己的政绩，接任者不能随意更改已有的制度，犯错被罢免者不能掩盖自己的错误，如此则官无邪人。由此可见商鞅变法之思虑深刻，可见所以要统一县治制度的重要性。
商鞅第二次变法，是否同时设置了郡级官署，史料没有明确记载。依据当时秦国土地渐渐扩大，并且战事多发的实际情形，同时设置郡级官署的可能性很大。至少，当时秦国的41县，以自然地理的格局，可以大体划分为四大块：陇西地区、部分河西高原、关中西部中部地区、商於地区。在当时的条件下，如果没有郡一级设置而由国府直接统领41县，政令的快速传递与实际问题的及时解决，难度无疑是很大的。作为一次成熟而彻底的变法，秦孝公商鞅决策层不可能忽视这一点。史料所以忽视，很大程度上是由于初期郡守的地位不高，不如普遍建立县制影响之大的缘故。
县制的推行，是中国古典政治文明已经达到成熟阶段的历史性标志。
（3）统一经济计量单位及其形制
历史对这一变革的称号，是“统一度量衡”。
如同对赵武灵王的变法称之为“胡服骑射”一样，都是从其最具影响力的事件着眼，实际上并不能呈现变法的全部内容。在此前春秋时代的经济变革中，在战国初期的大国变法中，都没有涉及对计量系统的统一整合。而在事实上，计量制的混乱恰恰构成了经济发展的实质性障碍之一。但在当时的变法大潮中，相比于土地改制等基础变法，它却是一个典型的社会细节，受到普遍的忽视。商鞅变法的全面整合性，正是在解决这样具有关键意义的历史细节中表现出来。
这一改革政策，是在第二次变法的第六年，秦孝公十八年，也就是公元前344年开始具体实施的。这说明，对要害细节的解决，是秦国变法决策层酝酿了较长时间成熟考虑的结果。这一制度包括了两个环节：
其一，统一度量衡制。在此前的重新分配土地中，已经规定了丈量土地的步长是六尺为一步，二百四十步为一亩。直到今日，陕西关中的农村地区，还有“踏步量亩”的传统做法，叫做蹻地。关中农民“量亩”的普遍标准，按照今日的市尺标准，是一步五尺，与战国的“六尺为步”基本一致。一个有经验的农民成人，其步幅稳定，误差很小。在当时的条件下，这是简便易行并且惟一可以普遍通行的方法。
除了长度单位，当然还包括了重量单位、容器单位。
重量单位的基本单元是两、斤、钧。一钧三十斤，用于大宗交易的计量。容器，主要用于计量粮食交易、税谷缴纳等，基本单元是升、斗、石、斛。容器单位与重量单位之间的换算关系，因后世的历史演变，史料已经很难找到准确记载了。
根据我们对关中农村的调查，关中中部泾惠渠灌区的农业县，就是秦时郑国渠的渠首灌区，在上世纪60年代向政府粮站缴纳公粮，或计量土地产量时，采取的换算方式是：一升三斤，一斗三十斤，一石三百斤；升、斗、石的关系是十进制。当代的关中地区，没有“斛”的说法。但是，战国中后期的秦国与后来的秦帝国，都曾经有运送军粮以斛计算的记载。据此推定，斛在当时是一种专门用于军粮运输、储存的计量单元。据后世考证，一斛大体是一百斤。
其二，制造并颁布度量衡标准器。当时的方法是：由国家统一制造度（标准尺）、量（标准秤）、衡（标准容器）三方面的标准器具，然后再统一颁发给各相关官署，以及县级官府。各官署与地方官府，将标准度量衡器置于公开场所，以便各种需要者校对。
在现今传世文物中，只有“商鞅方升”流传下来，保存在上海博物馆。这是当时的秦国官府颁发给重泉县——今日陕西蒲城县的标准升。这件标准器，后来在秦始皇统一度量衡时被调回重新鉴定，证明合格，又在底部刻上了秦始皇诏书，再发还重泉官府。这一事实说明，始皇帝统一度量衡，是以商鞅变法时确定的秦制为标准的。进一步说，秦始皇所统一的天下度量衡制，都是以商鞅变法的秦制为标准的。
（4）改田赋为户赋，也被称为“口赋”
关于军赋改制，据《史记·商君列传》记载，是在商鞅第一次变法之时。但是，《秦本纪》记载：“秦孝公十四年，初为赋。”两者相矛盾。战国史大家杨宽先生考证：军赋改制应该在第二次变法的第三年，也就是公元前348年。可见，《商君列传》的记载是连带叙述，不是确指。改田赋为户赋，这是秦国第二次变法中的重大创举之一。
我们先来看看赋制的源流演变。
赋，是一种古老的军事用品的无偿征收制度。用今天的话说，就是国防实物税。在大禹治水时代，各部族无偿提供治水实用物资，各部族自带粮食工具等，是赋的直接起源。进入早期国家时代，无论是贵族还是平民，加入军队都要携带自己制造的战车、盔甲与兵器等，这就是早期的军赋。那时候，国家征发量规模小，也很直接化。税的形式还没有产生，赋几乎包容了国家征发的绝大部分，甚或全部。后来，谷物、布帛等日常必需品的征发开始单列，开始成为最早的税。由此，有了赋、税并列的国家征发。
直到战国中期，赋和税都是并列的，也是分开的。
直至商鞅变法，战国时代的赋制，都延续了春秋时代鲁国季孙氏开创的田赋制。这一制度的基本操作方式，是依据土地主人拥有可耕地数量的多少，确定征收军用品的数量。但是，随着私田制的普遍化，拥有小块土
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