崇祯十六年三月下旬，辽锦战役打响。皇太极命多铎统帅满汉八旗共十五万人马，分三路突袭辽西的明军。多尔衮统满蒙联军五万人马，从西面绕道蒙古进抵松山，截断了锦州至关内的通道，进逼山海关，直接威胁直隶和京城的安全。
明军统帅洪承畴对清军的进攻早有防备，他毕竟是久经沙场，统兵多年的老帅，自从重回锦州以后，他就洞察到了清军主动放弃辽西的战略意图，随着朝廷不断的从东北抽调兵马赴西北作战，在辽西和锦州的明军仅有十万人，兵力上处于劣势，万般无奈之下，他提出了“集中兵力、固守待援”的应对预案，這个预案就是一旦清军大举来犯，那么防守辽西、锦西的明军就迅速回撤到锦州，固守孤城，等待朝廷的援军，在必要时放弃锦州，在山海关守军的接应下，退回关内，這样虽然丢了关外的大片领土，却能保存實力，确保京畿的安全。這實际上是他原先制定的“集中兵力，据城固守”策略的翻版，只是以现有的兵力，他只能固守锦州這么一座孤城了。
清军发起攻击后，辽西、锦西的明军按照预案迅速回撤到锦州，清军只用了不到十天的工夫就占领了辽西大片的地方，由于明军撤退及时，损失不大，清军各个击破明军的战役目标还是落空了，多铎不禁暗自佩服洪承畴老奸巨滑。
锦州城墙高大，又有火炮助战，十万明军据守绰绰有余，清军连续猛攻了三天以后，损兵折将，没有进展，遂改变策略，在锦州城外挖壕筑垒，开始围困锦州。
固守锦州，洪承畴面临的最大的问题就是粮食。自从制定了固守锦州的预案以后，他就积极的筹措粮草，以备守城之用，但从去年下半年开始，朝廷的粮饷就开始供给不上，连正常的开销都不够，他只好把在辽西接收的一些林场和矿山卖给塔山军校，利用张晓平和彩玲儿合股的贸易商行采办粮食，這才存积下一些，但這點儿粮食也只够支撑一个月的时间，城中老百姓家中的存粮就更少了，一个月也坚持不了。
洪承畴一方面紧急向朝廷上书，请求朝廷增派援军，同时命令吴三桂进击驻守松山的清军，恢复锦州的粮道。這番举措是目前东北的局面下最合时宜的办法了。可他没有想到，远在京城的崇祯皇帝却不是這样想的。
紫禁城文华殿，崇祯高高的坐在御座上，脸色铁青，他正在看洪承畴请求派兵增援的折子，文武大臣们忐忑不安的分班站立在下面，大气儿都不敢出，大殿上鸦雀无声。
“砰”！一只茶杯被狠狠的摔在地上，碎片四溅。大臣们吓的都伏低了身子。
“无能、无耻、昏聩！”崇祯从牙缝里挤出這几个词，然后把手中的奏折使劲的扔到地上，看到洪承畴的报告，他简直被气疯了，他站起身，快步走下御阶，狂躁的在大殿里走着，一个太监正蹲在地上收拾茶杯的碎片，躲闪不及，被崇祯狠狠的一脚踹在肩膀上，翻了三个滚儿，崇祯愤怒的吼道：“滚！”接着他面冲众臣叫道：“不到十天的工夫，关外的大片领土就丧失殆尽，只剩下了锦州這一座孤城，洪承畴居然还有脸向朝廷要救兵，他怎么会如此的无能！當初赵强只临时接掌部队，不到月余就收复了辽西，打的清军望风而逃，可军队一回到洪承畴手里为何就变的如此不堪一击呢。是洪承畴真的老了，还是赵强有统兵的天才呢！还要朝廷派援兵，援兵在哪？在哪！啊！”众臣都垂着头不语，近半年来，崇祯经常這样，一旦國事遇到挫折，他就会陷于疯狂之中，随意责罵和惩处大臣，弄得人人自危，无人敢触他的霉头。
崇祯指着杨嗣昌问道：“你告诉朕，援兵在哪？”
杨嗣昌紧皱眉头，苦着脸说道：“回万岁，目前西北军情正紧，實无力抽调兵马支援东北，为今之际只能命令洪承畴死守锦州，或者退守关内。”
“退！退！难道要把整个东北都让满清占了去，你们说，啊！”崇祯怒道。
“皇上圣明。”众臣无话可说，只能用這句敷衍。
“圣明、圣明，你们就会這一句，我要的是办法，对策！你们這帮废物、庸才！”崇祯罵道。他忽然想起赵强来，沮丧的说道：“要是有赵强在，何至于让朕如此难堪，何至于让满清如此猖獗呀！”
众臣被罵，都不服气，心道：“您倒是英明神武，不也没主意吗？赵强是能幹，那你當初幹吗非把他调回来呀。”如今明廷大势已去，众人都看的明白，也都在私下里给自己找退路、找靠山，他们已经对崇祯不抱任何的希望了。
崇祯罵了一会儿，怒气稍平，用缓和一下的语气问道：“列位臣工，东北局势若此，该如何处置呀？”
几名内阁大学士事先都看过洪承畴的奏折，知道他的处境艰难，但是崇祯已经把话说死了，众人只能昧着良心顺着他的思路去建议。
陈绍良出班奏道：“启奏陛下，洪承畴畏敌怯战，丧权失地，拥兵自保，實属不忠不勇，应下旨严责，命其出战，杀退清军，收复失地。”
杨嗣昌也出班奏道：“启奏万岁，兵部接到吴三桂的报告，说洪承畴命他出兵接应，打通粮道，增援锦州，但目前清军大队人马驻扎在松山，随时可能奔袭京师直隶，吴三桂认为，山海关乃京师门户，守军负卫戍京畿安全之责，不宜擅离，否则京城安全会受影响，请陛下明断。”
崇祯说道：“恩，山海关的守军不奉旨不能擅调。”
张秉昆说道：“万岁，目前洪承畴困守锦州，已无力指挥东北全局，微臣以为应另外选人统领东北邊境各镇兵马。”
崇祯想起东厂的一份报告称，现在城中已有传言，说洪承畴看明廷不行了，有意投降满清，所以不战而放弃辽西，是将辽西作为给满清的见面礼。這样的人怎么能继续统领东北的守军呢。他略加思索然后说道：“内阁拟旨，将锦州以外的东北其他各镇兵马统统划归吴三桂指挥，另外拟旨严责洪承畴消极避战，不思进取，严令他固守锦州，相机反击清军。调兵增援或退回关内之请免议！”
崇祯兩道旨意一下，锦州守军就此陷入了绝境。三个月后，锦州总兵祖寿實在不忍心看着城中的百姓被全部饿死，背着洪承畴率领已经饿得打晃的守城官兵打开了城门，向清军投降。洪承畴拒绝投降，本想拔剑自裁，被手下阻拦，成了清军的俘虏，锦州陷落。后洪承畴被皇太极劝说投降，成了满清的一名要员，此是后话了。
锦州陷落不久，更加沉重的打击又降临到崇祯头上，在這年的夏天，李自成回师陕西，在潼关大破明军，歼瀎西北官军主力近十万人，击毙西北经略大臣孙传庭，攻占了西安、洛阳，杀了福王朱常洵，然后分兵三路，西攻甘肃，迅速夺取了秦陇全境和山西的大部分地区。至此，李自成起义军已控制河南、湖北大部和西北数省，在军事上占了绝对的优势。而大明朝廷在长江以北，山海关以南的广大中原地区，已经没有可以机动调用的军事力量了，大明朝廷已处在风雨飘摇之中。
在這年九月，还发生了一件大事，皇太极积劳成疾，心疾发作，突然死亡，连遗嘱都没有来得及留下，清廷内部经过一番明争暗斗，立皇太极的幼子福临为帝，史称顺治皇帝，庄妃玉儿被尊为太后。兵权在握的亲王多尔衮任摄政王，总理國事，實际上执掌了大清的统治权。
太平教经过這半年多的发展，已经初见成效，正式发展的教众达到三万人，在各地的农庄编练的民团总人数也达到近二万人。
随着太平教势力的扩张，越来越多的明眼人已经从太平教发展轨迹猜到了是赵强在暗中掌控着這股势力，关于赵强复活的传言慢慢传开了。朝中的大臣们也听闻到了這个消息，但没人肯将這个事情向崇祯汇报，反而纷纷私下跑到特区来看望赵强，因为他们清楚：這个“昏迷不醒”的小太监要比那个高高在上的皇帝更靠的住。陈绍良、杨光照、张秉昆、杨嗣昌等人一向与赵强交好，更是以探病为由来叙旧情，套近乎，以期将来能得到太平教势力的庇护，就连崇祯最信任的东厂都指挥使李义方和锦衣卫指挥使樊虎都来了。