大计，而使从者间焉，不可悔也！”韩非上书的字里行间，渗透着冷冰冰的“用间”精神——为达目的，无所忌讳。
对于韩非的这件上书，秦王嬴政没有直接反应，而是立即下发给了李斯。
作为政治家的李斯，既明白韩非用心，也明白秦王意图。李斯的做法是，与韩非一样，也郑重上书秦王，直接驳斥韩非的《存韩书》。这件上书论断鲜明，毫不含糊。从论述结构看，分作了四个层面。
第一层面，李斯首先表明了自己的总体看法，“臣斯甚以为不然”。用今天的话说，就是坚决不同意韩非主张。其次，李斯从总体上指出了韩国的存在对秦国的危害：“秦之有韩，若人有腹心之病也；韩虽臣于秦，不可信也。”所以，应该先除去这个心腹之患。
第二层面，李斯针对韩非为秦国谋划的“先下楚赵”方略，进行了具体剖析，严厉驳斥。李斯认为，按照韩非的谋划，秦国将陷入不可预测的泥沼之中。因为，韩国不会服于秦国的道义之举，而只会服于强力手段。韩非所以如此谋划，根本在于，韩国表面向秦国称臣，实际则与楚国有密谋。同时，赵魏齐等国也必有呼应。届时，韩国这个腹心病将必然发作，鼓动合纵，秦国将重新陷入退缩崤山与函谷关的困境。
第三层面，李斯指出了韩非的动机，是恶意迷惑秦国。李斯的说法很犀利：“（韩）非之来也，未必不以其能存韩也，为重于韩也；辩说属辞，饰非诈谋，以钓利于秦，而以韩利窥陛下；夫秦、韩交亲，则（韩）非重矣！此，自便之计也。”李斯对韩非个人动机的攻击，也许有些不那么准确。但是，李斯对韩非上书目的的揭露，却显然是符合实际的——韩非以实现韩国之利为目标，而试探秦国。接着，李斯着意提醒秦王，必须对韩非的言论与文章提高警觉，“臣视（韩）非之言、文，其淫说靡，辩才甚。臣恐陛下淫（韩）非之辩，而听其盗心，因不详查事情”。
第四层面，李斯为了最终证实“韩国事秦”的虚妄，也为了最终证实韩非的虚假谋划，对秦王提出了两个针对性的验证方式。
其一，验证“韩国事秦”之真伪的方式是，李斯自请担任赴韩特使，召韩王来秦晋见。如果韩王不来，“事秦”之说自然虚假；如果仅仅派遣一个臣子来，也是虚假，则秦国可以“深割”韩国之地；如果韩王与臣子都不来，则韩国无疑应当讨伐。
其二，验证韩非谋划的虚假性的方式是，派蒙武统率东郡之兵，进驻中原地带，但不宣明目标。若齐国、楚国、赵国、魏国都不动，则证实韩非所说的秦国进军的后患完全虚假，也证实山东六国自顾不暇，不可能有哪一国来救韩。届时，可以立即惩罚韩国。
接到李斯上书，秦王嬴政立即作出反应，派遣李斯入韩。结果是，韩王连李斯见都不见。李斯给韩王写了一封警告信，之后回到了咸阳。显然，李斯对韩国的判断是正确的，韩国是不可能真正向秦国称臣的。
第二个验证，即蒙武进军中原的方法，究竟实行了没有，史料没有明确记载。
（3）韩非死于云阳国狱之谜
之后，史料呈现的基本事实是：秦王“未信用韩非”——李斯、姚贾两大臣提出了处置主张——秦王接受——韩非下狱——韩非当年死于秦国云阳国狱。
让我们先来简单地看看，这个过程中所涵盖的基本事实。
第一个环节，秦王“未信用韩非”。未信用，就是说秦王既没有相信韩非，也没有任用韩非。为什么这样？背后的原因，当然是秦王看到了李斯所说的事实，对韩非产生了严重的不信任，当然不可能任用韩非为秦国重臣。必须明确，这是秦王基于事实的国家利益判断。直到此时，李斯、姚贾对韩非尚未提出任何处置主张。
第二个环节，李斯、姚贾之议。从国家利益与大臣职责出发，李斯两人提出治罪韩非的主张，是完全正当的。两人提出治罪韩非，所秉持的基本事实是：秦国要统一天下，要搜求人才，所以才争取韩非。但是，“韩非终为韩，不为秦”，这是无法改变的。既然不用韩非，自然也不能滞留韩非，因为韩非是特使。若放回韩非，则必将对秦国大业构成后患。
第三个环节，李斯姚贾提出，“以过法治罪韩非”。什么是过法？就是过失犯罪。“过失”这个概念，在春秋时代就有了，意义与今天完全一样。其出典，最早见于《左传·襄公二十八年》记载：“宥其罪戾，赦其过失。”李斯提出以“过失罪”处置韩非，自然不会是必死重罪。李斯、姚贾动议的结果是，秦王批准了，廷尉府将韩非下狱了。
第四个环节，韩非死于云阳国狱。关于韩非之死的直接原因与具体过程，《史记·韩非列传》记载的过程是：李斯派人秘密给韩非送去了毒药，并胁迫韩非自杀。韩非本想向秦王陈述，却无法晋见，于是自杀了。秦王很快后悔了，派人特赦，韩非已经死了。
韩非之死，成为一桩被冷冻了的历史公案。
所以是公案，是因为大有疑点；所以被冷冻，是两千余年没有历史质疑。这桩公案的核心，是将韩非之死归结为同门李斯的陷害，归结为李斯的个人犯罪行为。从历史事实所呈现的基本面看，《史记》的这种说法疑点太多，经不起分析推敲。
最值得怀疑的有五个要点。
其一，与背景事实相距甚远。此时的李斯，刚刚进入秦国高层政治不过三五年，其爵位与具体职司还都不明确，只是参与谋划大计，或执行某些重大事务，这就是《史记》所说的“李斯用事”。从后来的发展看，李斯此时在秦国的根基与权力，还都正在成长之中，远远未达到能够秘密胁迫秦国政治要犯自杀的地步。
其二，犯罪事实值得怀疑。以秦国执法之严，李斯私送毒药与国狱政治要犯，并胁迫其自杀，是非常严重的犯罪行为。其过程很难实现，事后更难保守秘密而逃脱惩罚。然以《史记》说法，李斯非但实现了犯罪，而且事后既没有被发现，也没有被惩罚。这，显然太过荒诞了。
其三，缺乏犯罪动机。此时的李斯，已经从战略谋划上战胜了韩非，也从基本事实上证伪了韩非。从个人利害权衡，李斯已经在这场同门竞争中获得了全面胜利。更重要的是，秦王也已经不再信任韩非，而且已经下令关押了韩非。在这样的情况下，李斯还要冒着犯罪被杀的风险，去密送毒药并胁迫韩非自杀，这显然不构成真实的犯罪动机。
其四，事实逻辑荒谬。依据当时的基本事实，李斯、姚贾共同提出以“过法”（过失罪）处置韩非，事实上便是主张对韩非采取宽大处置。因为，若以“用间罪”处置韩非，韩非必然是死罪。李斯、姚贾若要真正置韩非于死地，对秦王提出以“用间”问罪于韩非，既是光明正大的，又是合乎秦法的。以《史记》的说法，李斯是公开主张宽大，事后却秘密暗杀，这同样是太过荒诞离奇的。
其五，后续事实可疑。以秦王嬴政一贯渴求人才，一贯爱护功臣的秉性，必不会轻易治罪于一个天下大才。既然下令治罪韩非，必然是认定韩非的行为对秦国构成了真实的危害。先下狱，再后悔，与秦王嬴政的毕生作为距离太大。退一步说，若秦王真正后悔了，则必然是发现了韩非对秦国有价值的一面。此时，若韩非已死，则追查毒药来源是一个必然环节。顺此追查，李斯犯罪是很容易被查出来的一件事。果然李斯犯罪，秦王嬴政安能容忍？