自从来到淮西后，王继先似乎找到了他人生的真正价值，比起作为皇帝的宠臣而享尽荣华，不受限制的医学研究更令他沉迷。而赵旉不但支持其著书立说，而且在各方面尽量满足他的需要，尤其是赵旉的一些奇思妙想更是常常令其茅塞顿开，但王继先并不知道这些都是源于赵旉前世掌握的现代医学知识。
然而，医学的研究对象是人，要想证明某个想法是否正确，很多时候不得不触犯一些伦理禁忌，最常见的就是尸体解剖。但在中国古代，连为女性看病都常常为了恪守礼法而不得不搞出“悬丝诊脉”之类的把戏，更不要说对尸体不敬了，即使是仵作为了查案而验尸也会遇到极大的阻碍，何况只是为了研究？
这不是有权就能解决的，还需要有敢于身败名裂的勇气，王继先虽然风评不佳，却并不缺乏为医学付出一切的勇气，可是他又从哪儿去搞尸体呢？赵构身为大宋皇帝，自然有这个能力，可他纵然再怎么宠爱王继先，也不可能为他冒天下之大不韪。
但是赵构给不了王继先的，他儿子却能给出，自王继先表露出心中的无奈后，赵旉便一直设法为其搜集实验材料，有他前世实验中所用的动物，也有无人埋葬的死尸，所以王继先便安心在淮西待了下来。
然而，死尸和动物解剖固然可以解决一些问题，但并不能解开所有的疑惑，王继先的目光渐渐移到了活人身上。由于连续触犯禁忌，王继先的胆子越来越大，他居然对赵旉说“为了可以救千万人，牺牲几条性命是值得的。”。
发现王继先已经日益偏执后，赵旉对其开始产生警惕之心，并派信得过的人暗中监视，以防其真的干出伤天害理之事来。毕竟赵旉前世生活在二十一世纪，对人生命的尊重和珍惜已经深入骨髓，纵然王继先的话不无道理，他也绝对狠不下心来。
可是，现在这几百名“铁浮屠”本就百死不能赎其罪，赵旉便毫不犹豫地将他们交给了王继先，就当是让他们有个将功赎罪的机会
有了这些“活体材料”，王继先的医学研究获得了超出赵旉想象的进展，其中包括“人是用脑思考，而不是心”这一论点的证明。
在相关实验中，王继先以针刺麻醉法减轻受试者的痛苦，然后将其胸腔剖开，以极快的速度用他自制的血管钳将几根大血管夹住，以防其因失血过多马上死去，这时他再以此前靠动物实验练出的娴熟手法将心脏取下，受试者却足足骂了十句以上才合上了双眼。
而在对照实验中，被砍去脑袋的十人没有一个能画出哪怕是最简单的圆形，两相对比，“人是用脑子来思考”这一结论已经确凿无疑。其后王继先又以上百条人命为代价，研究出了大脑、小脑、脑干这几个部分各自的功能，并总结出了外科手术的基本操作方法和注意事项，令失传已久的体内手术（中医的体外手术早已成熟，比如宫刑）在华佗过世九百多年后在中国的土地上再现。而消毒、麻醉、拆线等方法的归纳总结，令王继先自创的体内手术方法很快传播了开来，挽救了无数病患的生命
其中尤以剖腹产手术的影响最大，它令对母婴危害极大的难产不再那么可怕，而大宋妇女的平均寿命更是一下子增加了五六岁之多。这一手术倒是在自愿的基础上进行首次尝试的，对于文化水平不高的村夫来说，妻子和儿女的性命，远比那些什么伦理道德重要得多
十多年后，王继先纵有赵构父子的暗中保护，也终究没能顶住铺天盖地的谴责之声而自尽身亡，但这位“杀人神医”开创的体内手术方法却像商鞅变法一样被后人继承了下来，总算是不幸中的万幸。