木已成舟，李承宗除了愤怒也无话可说，何况姚启圣说的也有部分道理，这些蒙古俘虏就算现在不做乱，将来聚集在一起难免会再次起义要求恢复叶尔羌汗国什么的。而且几万人要张口吃饭，从莎车到哈密还有数千里呢。还好姚启圣做的干净而且想了不少借口。经过两次处理，阿普杜拉哈的八万蒙古骑兵就剩下两万投效大明的部队了。
这次西征动用部队和民夫加起来二十万，大明军队除了民夫死伤量大些外，骑兵的损失不到一万，步兵更少不到五千。二十万出来，战斗结束时还有十七万多，虽然英吉沙有不少重伤员。总得损失还是在能接受的范围。关键是抓住了阿普杜拉哈和大大小小的部落领。
算起来，姚启圣是功一件。李承宗处理完莎车城的事情后回到巴楚，准备班师回哈密，姚启圣却自告奋勇的要求留下镇守莎车城。李承宗不同意，一来姚启圣在当地杀人已经够多，结怨颇深怕当地部落报复。二来皇上可能随时要召姚启圣进京。姚启圣终究胳膊拗不过大腿。
除了莎车城留了五千步枪兵和一万余步兵外，叶城和英吉沙都只各留了三千将士守城。巴楚虽然是要道，但很难防守，李承宗也没派驻重兵，而是在阿克苏留下了五千步枪好一万步兵，五千骑兵。这样莎车和阿克苏这条河西走廊串联起来，应该没什么大问题。
大军除了留下各处城池的守城将士和重伤员外，所有轻伤者和阿普杜拉哈王室一干人等都随西征大军班师回到哈密。回到哈密后李承宗一方面写奏折向朝廷汇报西征战况，一方面要求朝廷增派将领和军士以便更好的驻守新攻下的叶尔羌各城。
朱显波看到李承宗的奏折自然十分高兴，本来准备五到十年慢慢渗透，没想到李承宗和姚启圣提前几年完成了西征目标，还将叶尔羌汗国的大小头领擒获。于是下令兵部向哈密增兵三万以完全肃清叶尔羌境内残敌，同时要求姚启圣押解阿普杜拉哈王室全体成员前往京城。
不用朝廷下令，李承宗的下一步也是肃清叶尔羌境内的残敌。对于要求姚启圣进京李承宗也早有预料。皇上指婚给郡主，早晚要进京的，何况这次西征立了大功。朝廷新增的兵刚好弥补西征损失，于是一场清剿运动在塔里木河和叶尔羌流域6续展开。不同西征的是，这次大明已经占驻主要城市，四处逃窜的部落残兵只要已有大规模集结就会被朝廷现。但如果不集结则无法获得粮食等供应。
李承宗采取步兵守城，骑兵机动的作战方针，很快各城6续有消息传来，要么是缴获大量武器，要么是肃清多少敌人。
而姚启圣回到京城后，立即有人接管阿普杜拉哈王室等人，随行部队也被编入京师大营。姚启圣被要求一人进京面圣。再见皇上，姚启圣千言万语不知从何说起，跪在朱显波跟前，双眼噙泪呆呆的望着朱显波。
“姚启圣，不认识朕吗？见了朕为何不说话。”
“皇上，微臣谢皇上隆恩。皇上救微臣于大牢，有给微臣西征机会。臣不知如何回报。”这倒全是实话，姚启圣杀人后想过一万种结局，也不会想到有今日。不但获释还能很快就有机会戴罪立功。
朱显波当然不知要姚启圣的感激，他需要激姚启圣的潜力为自己为大明四处征战，同时也要他绝对效忠自己和皇室。想到这里朱显波起身扶起姚启圣“姚启圣，你还这么年轻，这才刚刚开始。朕希望你以后遇事要想这次西征一样，多动脑子。你要记住，今后你不仅是你自己，朕和大明还有很多地方用得着你。”
“微臣愿誓死效忠皇上，今后如有需要微臣定当赴汤蹈火，粉身碎骨也在所不辞。”
“你跟朕说说西征路上的事情吧。”
“这个。。。”
“打起仗来一套一套的，给朕汇报汇报还为难吗？”
“西征过程李大人是主将，何况李大人已经如实奏报朝廷。。。”
“那个不算，朕要你给朕说说西征路上的趣事，奏折上没有的事情。”
“这个。。。”姚启圣也不知道皇上想知道点什么，因此十分犹豫，万一自己说的，奏折上没有，李大人会不会怪自己搬弄是非，皇上会不会认为自己邀功呢？
“没事，朕赦你无罪。不管你说什么，也不用担心李大人和朕，今天你说得只当是故事，过后不作数。”
“谢皇上！”
“说说李承宗那个犟老头是不是很难弄啊？”朱显波开始启姚启圣。
“那倒不是，微臣几次献计，李大人都采纳了。李大人治军还是有一套的，只是稍显保守。”
“是啊，李大人属于稳打稳扎的一类人，只要他驻守在那里，那里就换来一方平安。”
“但是过于保守，难免为边民所累。就说这次俘虏事件吧，微臣始终认为不远报效大明的俘虏必须除掉。一来他们需要大量的粮草养活；二来战败了又不愿意投降，难道想等待机会救主复国吗？”
“这次一共抓了多少俘虏啊？”
“6万多人？”
“这么多？那处理俘虏的问题上，李承宗和你分歧不是很大？”朱显波觉得奇怪，一向老成的李承宗在汇报中只说有两万蒙古兵投降后愿意报效大明，没想到有六万之多，这仗还没打，阿普杜拉哈就投降了真是奇怪。
“微臣还请皇上恕罪，恕微臣违抗李大人指令，私下处斩俘虏。”姚启圣心里想着李承宗肯定将杀俘虏的事情汇报给了朝廷，现在皇上问起来，虽然语气温和但一脸严肃，生怕皇上怒连忙先跪地求饶。
朱显波一听，我的乖乖，难怪，六万剩下两万，其余不愿意参加大明军队的居然被姚启圣处决了。这个家伙确实有点暴力，和李自成一个德行，稍微沉默了一下，一看姚启圣又跪下了，连忙说道“起来，起来。朕不是说了嘛，今天全当说故事。你说说当初为什么要执意处决俘虏啊，他们已经手无寸铁啊。”
“皇上有所不知，我们西征军除掉民夫总共才十五万。而且新攻下的各城必须留下足够的守城将士，那么能直接班师回哈密的不过十万人而已。就这十万人不但要看管阿普杜拉哈王室成员，还要时刻警惕这六万俘虏。一旦有人煽风点火，生兵变劫走阿普杜拉哈，我们岂不是又要到处搜索他的踪迹。就算平安回到哈密，将来还是要将他们释放，难保他们不继续潜回叶尔羌，莎车和阿克苏加起来的守军也没有六万。或者这四万人直接去北方投奔了准噶尔。。。反正无论哪种结局都是对大明严重不利。”
“嗯，这倒也是。李承宗比较保守也比较仁慈。”朱显波顿了顿，现不对连忙改口“当然，你这种当机立断的做法也值得表扬。不过李大人说的对，你在当地结缘较深，就不再适合留在当地了。今后就留在京城吧。”
“谢皇上隆恩，不是微臣妄自尊大，只是叶尔羌新定，李大人年事已高。恐怕这西北边疆的长治久安需要我等年轻人辅佐李大人。”
姚启圣这人到底年轻，心里有什么想法都冲口而出，这些其实也是朱显波担心的。按说李承宗守成没什么大问题，但是收复叶尔羌之后，新疆全域基本就归属大明了。西北紧挨的就是沙俄和准噶尔两个强敌，是该好好思量下下一步的事情了。