英亲王阿济格率军率军击破顺军大营，俘虏顺军大将刘宗敏及数万顺军士兵家属，下令皆斩之，然后挥军直下九江。
此时阿济格已经得到多铎受阻扬州的消息，顾不得再过江追杀李自成残部，统率大军直逼九江，攻击盘踞在九江的左梦庚部。
自从在铜陵被岱山军击败，总兵李国英兵败被杀之后，左梦庚也曾数次派出军队再攻芜湖，却屡屡被黄得功击败。背后顺军及清军尾随而来，前方道路又被黄得功阻挡，二十余万大军盘桓在九江进退维谷。
阿济格统帅六万余满汉八旗军顺江而下，左梦庚完全不敢抵抗，率军出降。拥军二十余万，却不论的是对阵逼死先帝的顺军，还是对阵入侵华夏的满清，只知道躲避，从来不敢主动迎战。“勇于虐民，怯于大战”这是对左良玉军最好的评价。
逼降了左梦庚二十余万大军之后，阿济格携大军三十余万，水陆直下南京，先后占领了铜陵安庆等沿江城市，兵锋直逼黄得功的根据地芜湖。
而芜湖已是南*京以西最后一道屏障，芜湖要是被攻下，南京西面将再无障碍。得到数十万左军投降，西路清军逼近芜湖的消息之后，南*京朝廷处于惶恐之中，弘光帝下旨，晋封黄得功为靖国公，令他务必守住芜湖防线。然后又连下十多道圣旨，封任思齐为肃虏侯、命令守卫扬州的史可法任思齐部回师南*京，封郑彩、黄蜚、方国安、杜弘域、卜从善等皆为伯爵，命令带军勤王。
五月八日，阿济格统军抵达芜湖，和黄得功大战。阿济格先是派左梦庚写信与黄得功，现身说法引诱黄得功投降，黄得功勃然大怒斩杀左梦庚使者，誓死不降。
在八旗兵督战之下，左军诸将卢光祖、张应祥、徐恩盛、郝效忠、金声桓、常登、徐勇、吴学礼、张应元、徐育贤诸总兵各率本部军队向着黄得功部发起了疯狂的攻击。
八旗兵连同左军降军三十余万兵压芜湖，黄得功军队士兵恐慌恐惧，军心不稳，部下总兵田雄、马得功决定投降。趁着军队与清军鏖战之际，叛军突发冷箭，射中黄得功喉部，外有强敌、内生叛乱，黄得功自知无力回天，拔剑自刎身亡。
黄得功死后，其部下或散或降。阿济格命令固山额真谭泰率骑兵三千为前锋，往南*京杀去。
五月九日，芜湖失守、靖国公黄得功殉难的消息传到南*京，弘光朝廷顿时陷入一片惊慌失措之中。芜湖是扼守长江的西大门，芜湖既陷，清兵将不日抵达南京城下。
惊慌之下，弘光帝仅同首辅马士英及少数宦官商议之后，连朝廷其他公卿大臣也不告知，更不做任何部署，在十日凌晨逃离南京。
弘光帝本打算从陆路逃往杭州避难，谁知途径溧水县时，受到当地士兵抢劫，惊慌之下弘光与马士英失散，在马士英儿子马銮的护卫下往东北逃去，在镇江上了郑鸿魁的战船，顺江而下从水路赶赴杭州而去。
失散之后，首辅马士英率领随行的贵州兵护着弘光的母亲邹太后继续沿着陆路赶往杭州。
再说南*京方面，弘光私自潜逃之后，整个南*京立刻处于一片动乱之中，人心惶惶之下，竟然有百姓涌入狱中，把前些时日“太子案”中自称崇祯太子的少年请出来登武英殿即位，被忻城伯赵之龙派人镇压。
此时的南*京，因为皇帝和首辅出逃，官绅百姓慌乱成一片，以忻城伯赵之龙为首的勋贵们决意投降，好保住自己的财富地位，派人往西去和清兵接洽。
五月十四日午后，清军先锋数十骑率先抵达南*京西门石城门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼拿降表由城墙缒下，往清营洽谈投降事宜。
五月十五日，阿济格率清军主力抵达南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、礼部尚书钱谦益、左都御史张霑等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。
既然南*京方面主动投降，阿济格便不再大开杀戮，遂派兵入城搜索，勒令城内所有明军出城缴械。十七日，阿济格带兵入城，即把南京东、北两区汉民尽数驱逐出城，空下宅院供清兵居住，无数的百姓被从家中赶出，哭嚎着流离失所。
五月十八日，南*京被攻破的消息传到了扬州，满城大哗！淮扬总督卫胤文等人哭嚎着面南而跪，连连以首抢地。
“该发生的事情终究会发生，并不因自己的到来而改变啊！”任思齐喃喃自语道，说着谁也听不懂的话语。
“陛下，是臣等无能，对不起你呀！”苏醒过来的史可法强撑着跪在床上，连声痛哭。
南*京既然陷落，再守扬州已无任何意义，因为必然会遭到清兵的南北夹击，从扬州退兵再次提上日程。
可是扬州城内有兵六七万，百姓八十余万，想要安然撤退又谈何容易。
按照卫胤文等文官的想法，应该速速带领军队沿着运河直下长江，会同郑鸿魁的军队逃往杭州，在那里继续抵抗满清大军，至于扬州城内的百姓，则顾不了那么多了。
难得的是，史德威、胡尚友等武将也赞同众文官的看法，在他们看来，这些百姓全都是累赘。
可是任思齐却决意带着所有百姓转移，扬州抵抗多铎清军一个月，这一个月来，多达数万的清军死于扬州城下，若是抛下百姓而去，那么等待这八十万百姓的就只有无情的屠杀。
任思齐的固执引起了很多人的不满，就连李彦直也劝说任思齐放弃百姓轻装前进。
随后经过商议之后，任思齐和众文官武将达成了协议，由他们先行护送督师史可法沿着运河南下，而任思齐自己则带着宁波军及新募的六万新兵继续守城。
城中宁波系以外的绝大部分将领都选择了离开扬州，而总兵刘肇基和炮兵指挥陈于阶却选择留了下来。
五月十九日，史德威、马应魁、胡尚友诸将带着本部人马七千余人，护送着重伤未愈的督师史可法及众文官上了战船，沿着运河南下而去。