就在孙灿跟随刘华研习兵书之即，也正是天下大乱之时。
孝灵皇帝中平元年。
大汉的形势更加的恶劣了，饥饿的农民忍无可忍，终于爆发了全面反抗，其中规模最大的队伍便是由张角三兄弟所领导的黄巾起义了。
张角本是冀州钜鹿县人，他有两个兄弟，老二张宝，及老三张梁。
那张角本是个不第秀才，因入山采葯之时，偶遇一老人，碧眼童颜，手执藜杖，此人正是南华老仙，因感悟天下苍生，特地在此传授有缘人太平要术希望他造福世人，而张角这次就幸运的成为了这个有缘之人。
张角本来就对民间医术很有研究，得到太平要术后，相当于虎生双翼，不久便习得了一身高明的医术。
只是这兄弟几人却意欲图谋不轨，借以给人治病为由，以“太平道”的宗教形式，愚弄群众。大约十年左右的光景，太平道教便几乎是传遍了整个天下，其中尤以青州、徐州、幽州、冀州、荆州、扬州州，豫州等八个州为最，教徒更是多达几十万人之多。
随后张角弟兄三人又在大汉范围内设置了三十六方，大方一万多人，小方六七千人，每方各设渠帅负责。
为了方便起誓，他们还传出了四句口诀，作为内部的暗号。这四句口诀就是：“苍天已死，黄天当立；岁在甲子，天下大吉。”
甲子就是汉灵帝中和元年，即公元一八四年。
在二月的月初，各方首领及信徒便已着手准备。他们用石灰在洛阳的城门及州郡官府墙上书写“甲子”等标语口号。
这其中一大方的渠帅马元义首先通知了荆州和扬州的信徒大约数万人，邀其到邺城集中，准备起义。于是，其分管的信徒们便已开始向邺城集中。
可是，就在这个紧急关头，张角的弟子、太平道中的的一个信徒、济南人唐周由于害怕失败被抓就向当地的官府告发了起义之事。
消息一经传开，朝野振荡，灵帝当庭大怒。于是，朝廷众臣紧急下令抓捕马元义，车裂于洛阳；并紧急招集各方力量，追拿诛杀了张角的信徒一千余人；又通知冀州捕捉张角兄弟及其家人。
张角等人发现事情已经败露了，便即用各种方法星夜通知各方，立即起义。起义前，义军首先将抓获的贪官杀了祭天。起义时，张角军皆头裹黄巾（黄天的象征），时人称之“黄巾军。”起义后，张角依据太平经中关于“有天治、有地治、有人治，三气极，然后歧行万物治也”的理论，自称“天公将军”其弟张宝自称地公将军，其弟张梁自称“人公将军。”
不出几天功夫，三十六方的黄巾军便开始了一系列攻打郡县，火烧官府，释放囚犯，没收官家的财物，开放粮仓，惩办赃官、土豪等的举动。不到十天的功夫，天下响应。青、徐、幽、冀、荆、扬、豫八个州的郡守、刺史纷纷向京师告急，汉灵帝亦急的如同热锅上的蚂蚁。
经过协商，在临近洛阳的八个紧要的关口都设置了都尉，增加了洛阳的防御。朝廷也分派出两路军队去镇压起义的农民。
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而这一切都和孙灿无关，虽然孙灿很想随军出战，但孙哲、刘华并没有同意。理由有二：孙哲是以孙灿的年龄还小为由；而刘华则是以学业并未精通来劝说的。
在刘华看来“黄巾之乱”只是一个契机，是属于可有可无的，而真正的发家时刻却是在十八路诸侯讨董的时候。
孙灿面对父亲和恩师的劝说，也只能压下蠢蠢欲动的心情。除了陪伴太子刘辩学习以外，剩下的时间就只是学习兵法和武艺了。
在这期间，他也曾经多次寻找那位女子的下落，最后都是一无所获。为了减少对那位女子的思念，孙灿惟有将心全都放在了学习兵法上。