9月1日，萧天下令对南京展开总攻！
晨。在大炮的支援下，北洋军在朝阳门一带挖地道进去，用炸药将城墙轰塌两丈有余后，北洋军随即蜂拥而入。
这时，太平门、通济门、神策门也相继被攻破，何海鸣等人率领士兵们在钟楼、内桥、鸽子桥、花牌楼等处与北洋军展开残酷的巷战。
1号整整一天，北洋军以军事进攻加上政治进攻，不断压迫讨袁军在南京的生存空间。南京，逐步掌握在了北洋军手里。
次日上午，何海鸣率领最后讨袁军在雨花台和北洋军进行决战，伤亡殆尽的情况下才最终溃散。
何海鸣等人在武定桥下乘小船逃走。
就在萧天收复南京的同时，日本国驻南京领事馆却在悄悄地注视着这一切的发生。
萧天，这个名字不光响彻中国，而且也早已经成为了日本人最头疼的一个人物。
此时萧天再克南京，一路过来如同风卷残云，必然再度名声大噪，而这也是日本人最害怕看到的事情。
但是，日本人目前似乎没有找到更好的解决办法
南京光复之后，所有人的目光都盯在了江苏都督的位置上。
但是，这一战最大的功臣是萧天，总指挥也是萧天！在进入南京之后。萧天没有任何迟疑，向北京政府推举吴佩孚出任江苏都督！
从徐州会战到南京攻克，吴佩孚所指挥的独立旅表现得实在太突出了，萧天的举荐，让人没有任何反驳的借口！
次后，袁世凯下令吴佩孚担任江苏都督之职。
在加入“小北洋系”之前，吴佩孚不过是个炮团团长，但自从被萧天招揽，一路青云直上，先是独立旅旅长，接着根本让人意想不到的脱颖而出，成为江苏都督。
对于萧天的感激，吴佩孚已经无法用语言表达。也正是这一天起，奠定了吴佩孚对于萧天忠贞不二的忠诚
南京战事结束后“二次革命”也就基本差不多了。在上海，尽管陈其美已经宣布独立，并屡次进攻制造局，但终究因为不是正规军而一再遭到失败。等到南京的萧天腾出手来，摆出进攻上海的架势之后，上海的讨袁军也就风吹云散，完全瓦解。
安徽的独立，从一开始就是“假独立”柏文蔚虽然是名义上的安徽讨袁军总司令，但军队实际上被师长胡万泰和民政长孙多森所控制。等到北洋军的倪嗣冲部及张镇芳部大兵压境，安徽那些搞假独立的人也就立刻撕下面纱，宣布拥袁，这就是柏文蔚率卫队等前往南京的原因了。
至于福建，都督孙道仁本就是在师长许崇智等人的胁迫下宣布独立的。当许崇智提议出兵援赣及北伐时，孙道仁总以饷械缺乏为由，加以拒绝。等到大局明朗，孙道仁自然发出通电，向袁世凯陈述“冤情”宣布取消独立。
在广东，袁世凯的手法也非常成功，他不仅安排了龙济光和陆荣廷两个楔子迫使广东讨袁力量无可动弹，还用金钱收买了广东的将领，使得胡汉民和陈炯明失去了对军队的控制。无奈之下，陈炯明特意派人去上海请了专门与袁世凯作对的前清官僚岑春煊来广东，试图利用他之前与龙济光、陆荣廷的部属关系缓和局势，但岑春煊这个老领导在龙、陆面前已经过气，这两人非但不听岑春煊的劝告，反进兵广东，最后将陈炯明逼走。
湖南的情况和福建差不多，也都是阳奉阴违、见风使舵。在江西和南京的讨袁军失败后，湖南都督谭延闿也就宣布取消独立。但是，袁世凯对湖南并不放心，他随后又派出北洋军曹锟等部进入湖南，最后由海军中将汤芗铭接任湖南都督。
至于四川方面。熊克武在8月9日宣告独立，一个月后便自己宣布解职下野了。
在各地的讨袁军相继失败后，袁世凯指“黄兴、陈其美、钮永建、何海鸣、岑春煊”五人为这次战乱的一等犯，其余如“孙中山、张继、李烈钧、柏文蔚、谭人凤、陈炯明”等人也都在通缉之列。
在此之前或之后，孙中山、黄兴、李烈钧、柏文蔚、陈其美、居正等人也都先后亡命日本，重新开始了他们的流亡生涯。
随后，袁世凯下令撤销孙中山筹办全国铁路的全权，并称黄兴、陈其美、柏文蔚为“叛徒”黄兴和陈其美还被悬赏十万和五万元加以捉拿。在此之前，黄兴的陆军上将衔也被剥夺，
这些心怀天下的革命党人弄到最后不过是竹篮打水一场空，为袁世凯做了嫁衣裳。
最令这些革命党人人悲哀的是，由那些信念最坚定的革命党人发起的这次革命，大部分的国人对此都不予理解也不予支持。在辛亥革命后做记者的老同盟会员梁漱溟，他曾在一次公开演讲中说：
“现在很清楚摆在外面的，就是武人势力的局面。至于说到助长这种武人势力的原因，却不能不责备革命先辈，他们无论如何，不应用二次革命那种手段。二次革命实在是以武力为政争的开端。从此以后，凡是要为政治活动的，总要去奔走武人的门下”
的确，正是这些革命党人，开创了以武力解决政治争端的先河！
这是一个很恶劣的开始！