翌日兵部衙门的牌匾便被摘掉，改为大明帝国皇家武装力量最高统帅部和大明帝国皇家武装力量总参谋部的牌子。
除去召开最高统帅部会议时以外，其余时间只有总参谋部和各部联络官在此办公，
前军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总政治部，
中军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总后勤部，
后军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总装备部，
左军都督府被改为大明帝国皇家武装力量国防部，
右军都督府改为陆军部，
将府右街的原西厂衙门改为海军部，
锦衣卫都指挥使司衙门改为帝国军事情报部，
东厂衙门被改为帝国内政部。
趁着各部改组的时候，朱天明和崇祯商议了进一步的军制改革及下一步对江南士绅商贾摊牌的准备工作。
按照朱天明的提议，崇祯下旨以皇家禁卫军卫戍京城的名义，派遣皇家禁卫军第三师师长张虎臣率领全师接管南京防务，
并派遣朱嘉赫前往南京坐镇，为可能发生的意外情况做好准备。
各部衙门改组整顿和搬迁工作全部结束后，朱天明在总参谋部召开了一次会议，
会议上着重讨论了全国军队军改问题，和海军建设问题。最终经过反复商讨，确定了具体方案：
北直隶已完成军改，原辖区内所有军队被整编成了两个军，暨隶属于帝国国防军体系的皇家陆军第一军和第二军，共计作战兵力20万。
朱天明任命李炬为第一军军长，朱元锡为第二军军长，并从皇家军事学院毕业的军官中挑选了一批，随同李、朱二人一起前往接管两个军。
之后，朱天明让李炬及朱元锡从北直隶军队中选拔军事技能、政治思想全面过硬的标兵组成一个教导团，
并由皇家军事学院的学员及教师中选拔出一个军官营，统一交由李洋指挥，前往南直隶进行军队整编。
将南直隶所有兵马进行筛检，最终整编为皇家陆军第三军。
此次会上还确定了海军建设计划，共设立七大舰队及一个海军陆战队司令部。
其中四大本土舰队设置如下：
大明帝国皇家海军本土第一舰队司令部设于山东莱州府，将青岛口以及周边鳌山卫、灵山卫等区域合并设立青岛县，并于青岛县开始建设第一舰队司令部及舰队基地。
本土第一舰队防卫区域北至归明省，南至南直隶。
大明帝国皇家海军本土第二舰队司令部设于浙江明州。
其防区北至南直隶，南至闽浙交界。
大明帝国皇家海军本土第三舰队司令部设于福建泉州。