百年动荡时期过后，世界局势进入了短暂的平缓期。此时，世界各国均已意识到神奇宝贝球与训练家的重要意义，纷纷集中力量开发神奇宝贝球技术，并且在国内大力培养训练家。全世界范围的训练家热潮从此开始。
精灵历78年，在第二次工业革命过后，世界进入电气时代，因此带来了生产力和创造力的极大提升。精灵历790年，新的操控神奇宝贝的方式“水晶权杖”问世。以现菲奥雷地区，原菲奥雷王国为起，向周边国家传播。
精灵历85年，以菲奥雷王国为首的十几个国家签下合约，成为新的同盟制政体“守护者联盟”，与神奇宝贝联盟开始了军事、经济等各个方面的对抗。疆域广阔的神奇宝贝联盟面临来自不同方向的局部武装冲突，陷入了军事力量和资源不足的窘境之中。
守护者联盟拥有不逊于神奇宝贝联盟的科技水平，在军事争斗中一度占据上风。神奇宝贝联盟竭尽全力方能勉强遏制局部地区的冲突不过度扩大，在边境的交火中通常胜少败多。
而关东和城都地区沿海城市面临的压力尤为庞大。关东地区的枯叶市一度被守护者联盟占领，至今城市中还留有许多外国风格的建筑和习俗。
精灵历871年，能够量产的新式神奇宝贝球问世。这一发明极大程度上解决了圆柑果实球制作工艺复杂、花费时间和人力较大的缺，完成了将神奇宝贝球的生产工业化、流水线化的壮举。
军备物资的进化意味着军事实力的提升。由于新式神奇宝贝球造价低廉，训练家不再是贵族职业，真正地走入了千家万户的平民生活中。据统计，在新式神奇宝贝球问世后，神奇宝贝联盟的注册训练家人数与之前相比增加了百分之三百以上，这无疑是一股巨大而可怕的力量。
以此为契机，神奇宝贝联盟扩充军队，强化军事实力；在通过军事施压等手段收复枯叶市后，神奇宝贝联盟伺机加剧边境冲突。战火逐渐燃，并传播到世界各地。
精灵历898年，雷斯塔特攻防战宣告守护者联盟政体瓦解。现守护者联盟三大地区划入神奇宝贝联盟的领土。
为实现和平、稳妥的发展策略，神奇宝贝联盟在这三个地区保留了“守护者联盟”的名称和部分权限，在对其加以限制的同时给予一定的政治自由，实行分线治国策略。
守护者联盟的解体标志着神奇宝贝联盟的国力达到了世界巅峰，正式成为全世界最强的联邦制政体。而神奇宝贝联盟与守护者联盟的战争被后世称为“两极争斗”时期。
.强盛时期（el898–至今）
精灵历950年，新材料灰晶的发现标志着世界科技水平又一次飞跃期的开始。以此为起始，神奇宝贝联盟制造出了计算力是以往计算机数万倍的超级电脑，并且因此开发出完善的激光武器、空间跳跃装置等。
精灵历95年，索米亚纳平原的三大王国组成北方联盟，宣布寻找到了“最正确的操控神奇宝贝的方式”，并且抵制神奇宝贝球，对神奇宝贝联盟北方边境进行骚扰，型冲突不断。
精灵历958年，全球三维定位成像指引系统（别名天网）的建设完成。精灵历960年，以天网的指引能力为基础，超远距离重型战略激光狙击系统（别名达摩克利斯），这一超级武器在神奇宝贝联盟诞生。
精灵历976年，北方边境的冲突升级，演化为无法收拾的恶**件。超级武器达摩克利斯首次发射成功，以北方联盟的首都为中心，方圆百里被夷为平地。
这一超级武器的首次亮相令全世界为之震惊。达摩克利斯的发明和成功发射，标志着神奇宝贝联盟在全世界不可撼动的地位正式建立。
精灵历980年，北方联盟解体。之后，与北方三大王国之一的帕拉索王国相邻的边境处，暴力冲突依旧不断，愈演愈烈。精灵历986年，帕拉索王国宣布与神奇宝贝联盟断绝一切外交合作关系，双方矛盾已不可调和。次年，神奇宝贝联盟对帕拉索王国宣战，两国进入交战状态。
战争持续了两年，神奇宝贝联盟付出了极大代价，将帕拉索王国彻底歼灭，所有带有其王室民族的相貌特征的国民皆被尽数屠杀。这一战被后世称为“索米亚纳歼灭战”。
自精灵历989年战争结束，世界局势有所缓和，大型的武装冲突基本不再发生。尽管付出了相当的人力和财力上的损失，但这一战在国际上为神奇宝贝联盟奠定了不可侵犯的形象，其影响意义十分深远。